Zbog dotrajalosti nadstrešnica, perona te kolodvorske zgrade jedan od nekada najfrekventnijih kolodvora ušao je u prioritet investicija Hrvatskih željeznica.
Dosadašnji radovi iznosili su 1,8 milijuna kuna, a odnosili su se na sanaciju betonske konstrukcije na 1, 2. i 3. peronu. Istočni dio 1. perona je srušen te je u potpunosti uklonjena betonska nadstrešnica 2. i 3. perona. Radove je izvodila tvrtka Eurco iz Vinkovaca s podizvođačima.
Za drugu fazu radova, izgradnju nove čelične nadstrešnice, kojoj je zajamčeno neusporedivo dulje vrijeme trajanja nego postojećoj, te podizanje i standardiziranje perona ishođena je građevinska dozvola na dvije godine, kao i ostali potrebni dokumenti. Predviđena vrijednost druge faze radova iznosi 15,1 milijun kuna.
Namjera je završetkom radova osigurati potrebnu sigurnost svim sudionicima u prometu te gospodarski povećati tranzitni promet kao najzastupljeniju vrstu prometa preko vinkovačkoga kolodvora.